Yo lo que hago es guardar una copia localmente en mi ordenador y/o nube. Luego sigo trabajando en el EA pero cambiando el nombre. Así cada vez que modifico algo, descargo el mq5 y ex5, guardo ambos y sigo el proyecto.
EA_0001 -> ex5/mq5 -> EA_0002 -> ex5/mq5 -> EA_0003....
Si en algún paso veo que el cambio no ha ido bien, deshago desde el menú "History" si el historial está disponible o importo la versión anterior o una más vieja.
Cuando llego a un punto que me convence, conservo el inmediatamente anterior y borro todos los anteriores.